Средња школа Гимназија у Гњилану отворена је 10. септембра 1915. године, решењем Александра Наследника Престола, на предлог Министра просвете и Црквених послова, као непотпуна четвороразрердна гимназија.
Почела је да ради 18. маја 1920. године, по наређењу Министарства просвете бр. 5211 од 13. маја 1920. године.
Радила је до 1931. године када је по одлуци Министарства просвете укинута, а на место ње отворена Грађанска школа са три разреда, која је радила до завршетка школске 1935/36, године.
Гимназија се поново отвара за почетак школске 1938/39. године.
После II Светског рата, ради под називом Нижа српска гимназија, а у неким документима назив гимназије се наводи и као Државна српска нижа гимназија у Гњилану и Српска гимназија у Гњилану.
У школској 1955/56. години, ради под називом Виша гимназија у Гњилану.
Највероватније после Уставних промена 1974. године добија назив погинулог борца, Гимназија ,,Зејнел Хајдини,,.
Од 1978. до 1983. године, ради као Центар средњег усмереног образовања под називом ОООУР 3 ,,Зејнел Хајдини,, за природно-математичку, хемијско-технолошку, културолошку и здравствену струку.
Након укидања усмереног образовања, поново ради као гимназија, која образује младе, који стичу знања из природно-математичке и друштвено језичког струке и поново носи назив Гимназија ,,Зејнел Хајдини,,.
Од 1990. године, након доношења Устава Републике Србије и преношења надлжности са покрајинске на републичке органе, носи назив Гимназија (у Гњилану).
По завршетрку НАТО бомбардовања и доласка снага КФОРА и УМНИК администрације, због непостојања безбедносних услова за рад школе у граду, школа се измешта из града у оклно српско село Горње Кусце у просторијама основне школе ,,,Петар Петровић Његош,,.
Због недостатка учионичког, кабинетског, лабораторијског и канцеларијског простора у објекту основне школе у Горњем Кусцу. Од септембра 2002. године, измешта се у селу Шилову, у згради основне школе ,,Вук Караџић,,.
Од септембра 2001. године, отвара се издвојеноно одељење Гимназије, природно-математичког смера у селу Пасјану.
Делатност школе
Гимназија, са привременим седиштем у Шилову као Установа за образовање и васпитање ученика регистрована је у Привредном суду у Приштини, Решењем Фи. 5810 /92. дана 28.10.1992. године. Гимназија има два смера: природно-математички и друштвено језички смер.
Основна делатност школе је опште средње образовање.